En la ecorregion de desierto se pueden distinguir cuatro comunidades bioticas: el desierto propiamente dicho, los rios, las lagunas costeras y las lomas.
1.- El desierto:
Presenta una fauna constituida por mamiferos como el zorro, el zorrino enano y roedores; aves como el cernicalo y la lechuza e insectos y aracnidos.En las zonas donde predomina el gramadal se observan aves como la garza bueyera, la zarza blanca, la golondrina y el cernicalo; asimismo, reptiles como lagartilla y salamanquesas.
2.- Los rios costeros:
Presentan una fauna compuesta por crustaceos, peces como la charcoca, el pampano, el pejerrey de rio y la lisa; aves como el martir pescados, gaviotas, cinco especias de garzas, etc.En zonas cercanas a los rios es posible observar los bosque de galeria.
3.- Lagunas costeras:
Los estannques y los pantanos surgen por el afloramiento de las aguas subterraneas o filtraciones de un rio cercano; a sus orillas se desarrolan el junco y la totora. Las lagunas pueden ser de agua dulce, donde prolifean patos, garzas y gaviotas; o de agua salobre, donde viven aves como el flamenco.
4.- Las lomas costeras:
Son ecosistemas costeras de condicionesecologicas especiales que reverdecen durante el invierno debido a las internas neblinas que cubren la costa central y sur. Estas neblinas humedecen el suelo y dan lugar a diversas formaciones vegetales de tipo estacional que se desarrolan en las laderas orientadas al mar hasta una altitud de 1000 m.n.s.m, es decir, hasta donde llega la influencia de las neblinas. La flora y la fauna de las lomas se han adaptado a los periodos de humedad y acidez.
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